明治15年（１８８２）、薬師堂の屋根が茅葺から二重・桟瓦葺に改められるなど、創立以来数々の修理がなされて護られてきましたが、昭和19年の南海地震や20年の三河地震により柱が傾斜するなどの被害をうけ、また、経年による腐朽や木組みの緩みが顕著になっていました。そのため、薬師堂は礎石を除いてすべて解体、創立当初の形式技法や後世の修理内容を詳細に調査したのち、旧形式に復旧整備されました。
貞享3年（１６８６）に補加された正面の向拝を撤去して切妻造の拝所を新設、木階廻りに石積および石段を整備、外陣入側天井の棹縁天井を撤去して鏡板天井に復旧、内陣および脇陣の二重床板を撤去して旧の床板を現し、屋根は二層部分の小屋板を撤去して棟高を約１尺高めた一重寄棟造とし、茅葺の小屋組を復するとともに屋根葺材を茅葺形銅版葺にするなど、往時をしのばせる堂々たる姿に復元されました。